Contam os historiadores que a primeira colonização da região onde hoje está Imaruí ocorreu antes de 1800 e foi realizada por um grupo de pescadores oriundos de Laguna.
Em 1833, foi criada a Freguesia de São João Batista do Imaruí, que se tornou distrito de Laguna. Um dos colonizadores foi o gaúcho João Vieira da Rocha, que acompanhou os farrapos até Laguna e que mais tarde mudou-se para Imaruí em companhia dos filhos.
A guerra que se seguiu à instalação da República Juliana, onde ocorreu o trágico episódio da conhecido como o “massacre de Imaruí fez com que muitas famílias deixassem Laguna para morar em Imaruí, por volta de 1839. Imaruí passou à categoria de município em 27 de agosto de 1890, e o nome foi dado por uma tribo de índios que habitava o local: vem do mosquito maruim, comum na região.
Município integrante da Região dos Lagos, destacando-se pelos seus recursos naturais. Possui a maior lagoa de Santa Catarina, viveiro natural de reprodução de camarões. Tem na pesca artesanal sua segunda maior atividade econômica. Povo de origem açoriana, alegre e hospitaleiro, tem na religiosidade um de seus aspectos mais marcantes.